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分子动力学（Molecular Dynamics，简称MD）模拟是一种基于牛顿运动定律的计算模拟方法，用于研究分子体系的动态行为。它通过计算分子间相互作用力，模拟分子体系的运动轨迹，从而研究体系的结构、性质和动力学过程。被广泛的应用于生物、医学、材料、环境、催化、电池、化工等领域。 分子动力学计算（Molecular Dynamics, MD）的主要目标是通过数值模拟原子/分子的运动轨迹，基于经典或量子力学规律，揭示物质在微观尺度下的动态行为、结构演化与

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有会gromacs模拟的吗，可以帮忙解答一下问题或者教教我吗，有偿

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分子动力学模拟 GROMACS软件计算 RMSD RMSF #分子对接##分子动力学模拟#

请问各位关于在ms里建聚合物的模型，然后再通过lammps来压缩的问题，现在我用移动墙将聚合物压缩到了一定密度，然后停止移动墙并将其换为固定墙进行驰豫，驰豫的时候出现bond atom missing 错误，不论我怎么调整墙的位置都出现这个错误，墙的位置把聚合物都包括在其中了的，但把墙的命令去掉就可以驰豫成功了，请问这是什么原因呢？

分子动力学 收费看需求，内容如下 1.金属 合金 石墨烯 氧化石墨烯 碳管 金属复材 2.建模 模拟 数据处理 作图 分析 3.激光选区融化 4.金属晶体生长 5.拉伸 压缩 剪切 切削 6.多晶的位错提取，相变分析，变形分析

gromacs运行生成ndx文件，想在VMD里只显示索引文件里的原子，吧友帮帮忙

请问大家有没有陈正隆分子动力学模拟的ppt

看了很多关于某蛋白的分子动力学模拟的论文，但是他们都没有这个模拟轨迹数据，我本身不是这个专业，只是需要这个数据做一些别的东西，有没有大佬知道怎么找这个轨迹

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大家好，请教大家一个问题 为什么 我在动力学模拟之后，5个小分子的结果有部分氨基酸缺失了？并且缺失的都是同样的氨基酸，但是阳性对照的小分子并没有发生氨基酸缺失。 图例.

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想问一下，如何建立三维梯度模型，最好是使用atomsk建立的，不是也没关系

我想学习amber研究药物，有没有大佬教教我，在线求一个师傅，呜呜呜

我用Fe Ti C的meam势函数跑的太慢了，有大佬指点一下怎么设置势函数能跑的快一点

求助，lammps分子筛膜，如何计算气体渗透量

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各位大佬，使用Forcite模块在系综NPT下MD，得到的XTD文件，在播放轨迹是，AC里的分子跑出AX盒子了，这是怎回事，正常吗？

4月材料化学专题（无限次回放视频+班级微信群+案例模型+讲义资料） 【ReaxFF反应力场】--周六开课 ReaxFF基础入门、分子建模；Lammps燃烧过程、化学摩擦过程（CM P）；溶液中的质子转移(JPCB,JPCL文献)；碳化硅表面石墨烯的生长（Chem. Mater文献）；量子化学软件CP2K入门，CP2K结构优化、过渡态搜索和力场开发实例 https://mp.weixin.qq.com/s/FqCX-NJGbX5-fpZ7royMJA 另有：cp2k、lammps、gaussian专题（一年2-3期）

求助各位大佬,做zif材料的气体吸附，分子动力学模拟，用什么软件比较好。

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大佬们，这是什么原因，能指导指导嘛

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有小伙伴知道怎么把平行四边形的晶体改成方方正正的四方体的嘛？有小伙伴知道怎么把平行四边形的晶体改成四方体的嘛？#materialstudio##分子动力学模拟#

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分子动力学模拟是一种研究分子体系结构与性质的重要方法，已被广泛用于化学化工、生物医药、材料科学与工程、物理等学科领域。传统实验需要大量的人力物力而且耗时，而计算机模拟的方法省时省力，可以用来求解解析理论无法求解的问题，模拟实验做起来困难或不可能做的条件，得到更贴近实际体系的结果。LAMMPS分子动力学程序是一款开源而免费的软件，可以模拟成千上万甚至几百万个原子、分子，常用于模拟液体中的粒子，固体和汽体的系

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