不久的未来，人类在与病毒性寄生生物“原肠动物”的战争中败北，被驱逐至狭窄的领土，带著恐惧与绝望苟且偷生。在如此封闭幽暗的世界居住於东京地区的少年里见莲太郎，为对抗原肠动物的专“民警”一员，从事危机的工作。他的搭档则是有点早熟的小女孩蓝原延珠。以特殊能力战斗的两人，某天接获政府的特别命令，内容则是避免东京毁灭的高度机密任务.......