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据《增值税暂行条例》规定，非正常损失的购进货物和非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务的进项税额都不得从销项税额中抵扣，已经抵扣的进项税应予转出。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十四条规定“条例第十条第（二）项所称非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。”
但是在实际操作中，自然灾害造成的存货损毁，进项税也必须转出。