针对碇真嗣灵魂的惩罚过程和情节如下：
永生墓园是一个没有色彩的诅咒空间！
永生墓园是一个没有声音的诅咒空间！
在永生墓园中除了无数枯骨和亡灵之外，唯有鲜血的红色那样地醒目。

碇真嗣的灵魂在被拯救系统囚禁在永生墓园的第一时间就清醒了过来，他想要活动灵魂状态下的身体，却被污泥伸出的无数只腐烂的鬼魂之手所抓住！他想要高声大喊，却是发不出哪怕半个音节！就算是再恐怖的遭遇，碇真嗣的灵魂也无法通过喊叫来发泄那种无限恐怖的摧残给他带来的痛苦。

碇真嗣一直以为死亡就是彻底地失去自我意识，那样，最低限度，不会再感受到任何的痛苦。可是在永生墓园这个诅咒空里情况并非如此。

永生墓园顾名思义就是一个永生的墓冢。碇真嗣的灵魂被葬入这里后，意识将会永久地存活下去！碇真嗣的灵魂无法昏厥过去，不会沉睡，更不会因为发疯而失去自我！他的意识将永久地保持清醒，永远和无数腐烂的亡灵尸体共同存在着。

血，不断洒下。灵魂在腐烂溃败，却永远不会消亡。灵魂体状态下的碇真嗣头颅横在一旁，他亲眼着无数阴白的鬼手和僵尸般的魔爪进出着自己的身体，被器官不断地剥离，再放回去，所有的血都被流干，骨头都是渐渐地碎裂风化。然而，他就是死不了。不，应该说，他死去了，却依旧保持着意识。纵然大脑被撕开，纵然头颅和身体分离，眼睛却永远可以到前方，思考永远不会停止。

好久远……
好久远啊……
过去了多久呢？
一年？两年？不，也许是二十年，三十年……
几百年，几千年……这样的日，还是要一直持续下去……
可是在这黑暗的墓穴，这样的生活。还是要持续下去！

灵魂体状态的碇真嗣全身溃烂，血液流干，骨头碎裂，大脑被取出，然而，即使如此，依旧有意识。甚至，可以驱使自己的身体，可以让手脚移动。然而，哪怕要移动一下，周围无数的亡灵死者就会阻止自己。

碇真嗣的灵魂能够无比真实地体会到痛苦和绝望，就算是想要死亡都做不到。

碇真嗣的灵魂在永生墓园这个一个没有色彩，没有声音的诅咒空间里面，连求救都做不到，他只能在黑暗的最深处眼睁睁地看着自己的灵魂体永久地腐烂下去。

碇真嗣的灵魂将在永生墓园这个诅咒空间里面，永远地变为一具残骸。陪伴在碇真嗣身边的永远都只有腐烂和恐怖的僵尸冤魂，他会永恒地保持着清醒的意识，无论有多么恐怖，多么痛苦，多么绝望他都只能一个人孤独地去面对，永远不能逃避。碇真嗣的灵魂将永远在永生墓园诅咒空间的黑暗深处不断腐烂发臭，永远埋葬在这没有色彩和声音的墓穴内……永远承受无限恐怖的摧残！永远承受无边痛苦的折磨！永远承受无尽绝望的煎熬！

永远……
永远意味着什么？
千年，万年，十万，百万，千万，哪怕是几亿年，几十亿年。几百万亿年……都不能够算是“永远”！
永远就意味着没有至今，没有尽头。哪怕过去了无数兆亿年，碇真嗣的灵魂也依旧只能在永生墓园诅咒空间中存在下去。科学家认为，宇宙是有其寿命极限的，但是，这个连时间也可以操控的永生墓园诅咒空间中，碇真嗣的灵魂有充分的理由相信，哪怕宇宙毁灭，世界再一次重组，哪怕到如此漫长的时空尽头，永生墓园诅咒空间内的时间依旧会流动下去。

这种事情，光是想一想，就会感觉到极端的颤栗和恐怖！宁可魂飞魄散，碇真嗣也绝对不要去忍受这样的恐怖！ 所以说，支持人类不断进化的最大动力既不是对自由自在、无拘无束的憧憬，也不是对全知全能、为所欲为渴望，而是对“永远”求生不得、求死不能的终极恐惧！

“啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊——！”
碇真嗣终于睁开了双眼，灵魂回归到身体里面，立刻恢复了意识。结果发现自己竟然奇迹般地离开了那个给自己带来无限恐怖，无边痛苦，无比绝望的地狱！难道自己刚刚的经历只是一场噩梦吗？

这当然不是噩梦了，这时伟大而神秘的《诸天万界拯救系统》终于隆重登场了。
拯救系统先简单地向碇真嗣做了自我介绍，然后就直接告诉碇真嗣：是本系统刚才把他的灵魂囚禁到那个让他感到无限恐怖，无边痛苦，无比绝望的地狱之中进行惩罚的，那个地狱的名字就叫做永生墓园诅咒空间。