海神作战
之后哥斯拉被海神作战中水中扩声器的录音咆哮引来,登录相模湾,消灭了负责佯攻的船队,并在破坏了投放駆潜艇的军港后上陆,入侵到镰仓山区的村庄并展开破坏,为了追赶敷岛浩一所搭乘的震电而回到了相模湾,并前往海神作战的所在地点。
第一重作战,是让驱逐舰雪风与响拖拽着布满氟利昂气瓶的钢缆,让其缠绕到哥斯拉身上,并利用氟利昂气体的作用让哥斯拉失去浮力,在35秒的时间里沉到相模海槽1500米的深度,但在短时间内受到151倍大气压的高压仍未能能将其重创,并开始反抗。
第二重作战是启动钢缆上的膨胀式上浮气球,令其从深海快速上浮,因为超速加压而被压毁的细胞还未来得及再生就面临超速减压,令细胞再生发生错误,全身各处发白肿胀,但即便受到如此大的伤害仍能继续抵抗,在800米的深度时将气球破坏。
但之后雪风、响,以及其他赶到的拖船将其拖出了水面。遭到人类前所未有的抵抗后,哥斯拉的愤怒终于达到了顶点,即便身体如同因减压而死亡的深海鱼一样皮肤开裂,全身水肿,眼球混浊甚至要脱离眼眶一般,但也要向着眼前的人类发出自己的引以为傲的武器。

但在千钧一发之际遭到了震电的特攻,本为发射热线而张开的口被乘虚而入,飞机与航弹的爆炸将整个上颌与大脑炸飞,让哥斯拉停止了一切活动。失去控制的热线能量泄露并引起了内部崩溃,被弑杀的巨神躯体散落到相模海槽的深处。
但即使失去大脑,哥斯拉的尸体肉片仍在持续再生,暗示着他仍会成为人类的威胁,自此故事结束。
此外,在袭击银座时以黑雨形式散落的哥斯拉碎片似乎还给女主在内的众多人类带来影响,结果如何还待揭晓。
