①新剧场版、旧剧场版、漫画版你都可以看成独立的平行世界观。
（但是终里也暗示了疑似是轮回关系）
不过无论是轮回还是平行世界，你都可以看成一个新故事的开始，基本和前作没关系。
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②很简单，因为破里没死呗
楼主应该是没看破的彩蛋，真嗣的三冲被渚薰的卡西乌斯之枪打断了。
然后期间还发生一堆乱七八糟的事总之就是没死。
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③莉莉丝身上的枪是真嗣沉睡期间的事了。
真嗣引发三冲被渚薰拿卡枪打断，然后真嗣连同初号机被nerv送到近地轨道上。
期间渚薰的mark6被第12使徒侵蚀，预备完成真嗣未完成的三冲。
两把枪就是用来封印补完过程中的莉莉丝和mark6的。