裕仁天皇是南京大屠杀的主谋元凶之一。裕仁天皇是当时日本军队的最高统帅，对军队有绝对的指挥权。他于1937年8月15日亲自任命松井石根为上海派遣军总司令，后又速派朝香宫鸠彦接替松井石根，而朝香宫鸠彦下达了“杀掉全部俘虏”的命令，导致南京大屠杀的暴行升级。裕仁天皇对南京大屠杀非常了解，1938年1月，他的表弟贺阳宫邦宪访问南京归来向他报告南京惨状，胞弟三笠宫崇仁也亲自向他报告南京日军暴行，但他未予以干预和制止。不仅如此，裕仁天皇还对参与屠杀的高级将领予以嘉勉，1938年2月12日，朝香宫鸠彦回国复命，裕仁天皇接见并赞赏其屠城“战绩”，特赐雕有皇室菊花纹徽的银质花瓶一对，还恢复其皇室身份，因其屠杀“有功”晋升为大将。2月26日，裕仁天皇还接见了松井石根、柳川平助，对他们攻克南京予以嘉勉。种种史实表明，裕仁天皇在南京大屠杀事件中负有不可推卸的责任，他的支持、纵容和对凶手的嘉奖，使得日军的暴行更加肆无忌惮，他是南京大屠杀的主谋元凶之一。