《大航海时代Online》在中国大陆的运营经历了多次变化。最初由盛宣鸣代理，于2006年6月1日开始运营，但在2007年9月2日结束。随后，中荣巡游接手代理，从2007年10月30日运营至2010年11月26日。2012年9月13日，上海天希网络宣布重新代理该游戏，并于2012年10月18日正式上线。 然而，上海天希的代理于2019年7月5日结束。
目前，尚无关于《大航海时代Online》在中国大陆重新上线的官方消息。根据最新消息，北京锐我科技公司计划推出海洋冒险MMORPG新作《大航海时代：凯旋航线》，并计划于2025年进行首次测试。 与之前的代理商不同，锐我科技不仅拥有《大航海时代Online》后续内容的开发权和运营权，还计划在原有内容基础上推出全新版本。这意味着玩家在《大航海时代：凯旋航线》中，既可以体验到《大航海时代Online》的经典内容，也能接触到全新的游戏元素。
然而，需要注意的是，台湾地区的红心辣椒公司于2024年12月16日宣布，取得了航海冒险手机游戏《大航海时代：传说》的代理权，计划于2025年上市。 这款手游由日本光荣特库摩授权开发，传承了经典的《大航海时代Online》核心玩法。但目前尚无关于该手游在中国大陆地区上线的具体信息。