根据您的描述，这款游戏很可能是 《Sarge's War》（2000年左右），但更符合的可能是一款名为 《Rogue Trooper》 的游戏，不过需要进一步确认。
不过，更接近的可能是一款名为 《MechaNika》 的游戏，它具备以下特点：
• 2D横版射击，现代战争与科幻机甲元素结合；
• 玩家扮演指挥官角色，通过特殊能力（如投掷能量球）控制敌方单位；
• 可切换控制多个敌方单位配合战斗。
但更有可能的是 《Command & Conquer: Red Alert 2》的某个衍生版本或MOD，不过该系列主要是即时战略而非横版射击。
另一种可能是 《Warfare: 1917》的早期试验版本，但时间线可能不符。
若细节有偏差，可能您提到的游戏是 《S.O.D.A. 2: Second Overdrive Attack》（2002年），一款科幻射击游戏，包含机甲和控制敌方单位的机制。
若仍不确定，建议提供更多细节，如：
• 游戏画面色调（如偏暗黑/卡通）；
• 敌方单位类型（机器人、士兵等）；
• 关卡设计（如基地建设、剧情战役等）。
希望这些线索能帮助您缩小范围！