游戏故事背景的推演可以分为三个大阶段，最早的要追溯到远古地球时代。
1、一代神被推翻，异空间“星界“出现
在远古地球时期，龙族、精灵族、兽族、小人族等种族在一代神“耶和华”的指导下创造“四方晶体”，并借此建造了伟大的“亚特兰蒂斯”都市。
然而，一代神的统治越发严苛，甚至非常偏袒不公，龙族、精灵族、兽族、小人族等种族渐渐不满其统治。于是，以龙族为首的四大种族联合起来，先是夺取了“四方晶体”，而后进攻耶和华，以致其自爆，神格炸裂成无数碎片——也即是，后来二代神魔法的来源“真理碎片”。
由于耶和华的自爆，“亚特兰蒂斯”变为量子态，空间升维，跃迁到异空间——“星界”的盖亚大陆上。而除了部分兽族外，其他种族均迁移到了这个异空间。

3、人类文明觉醒，真理被发现，“星界”动荡再起
“神战”结束后，“星界”被地球移民统治，移民中的各种族开始各自在盖亚大陆不同地域进行繁衍生息，而二代神们则成为最高统治者。与此同时，留守在地球的兽人族一支，逐渐演化成人类。
在二代神中，普罗米修斯和雅典娜被委任监视地球的一切，而在人类漫长的进化过程中，普罗米修斯给人类带来了火种，雅典娜赋予了人类智慧。人类文明爆发式推进，诸多真理被发现，人类神权的说法被传开，这使得“星界”的二代神颇为震惊！
人类真理的发现者以麦哲伦、牛顿、爱因斯坦等为代表，“星界”统治者为了限制人类神权发展，成立“御神司”监管并压迫麦哲伦、牛顿和爱因斯坦。而爱因斯坦的相对论，使得一名来自地球的女人在“星界”掌握了强大的魔力，自封为三代神，被称为“阴影魔女”。众神合力讨伐，并最终打败“阴影魔女”，随即“至高会议”决定，永久封禁地球与“星界”的互通。
而自“阴影魔女”事件后，在“星界”的人类一支受到歧视，大战也使得深渊魔物再次蠢蠢欲动，“星界”动荡再起，潜在的危机正在慢慢酝酿中...

“星界”慢慢恢复到表面看起来的平静时代，承接着以上发生的种种，新神历693年，主角被女主通过召唤来到“星界”，游戏的冒险之旅也由此开启了。